Проблема была в следующем:
У части клиентов Windows файрвол блокировал входящие соеднинения, процесс TechnologiCS присутствовал в исключениях, но правило было не активно.
Видимо конфигуратор последовательно создаёт TCP соединения для подключающихся клиентов и, в случае недоступности клиента, TCP соединение висит около 30 секунд (6 SYN пакетов с интервалом 5 секунд).
Затем видимо конфигуратор переходит к следующему клиенту.
Количество подключений в этой очереди накапливается и определяет время той самой задержки.
13 минут, это видимо 26 клиентов.
Сюда входят не только клиенты с блокирующим файрволом, но и клиенты, которые запустили TechnologiCS и закрыли не дождавшись ответа сервера.
Решил проблему явным разрешением, через групповые политики, TCP соединений по портам 5151-5136.