Перенос файлового сервера

Вопрос чрезвычайно сложный конечно, и самое главное что возможно и потеря данных в данном случае, особенно если пользовались сборкой мусора, и если в этих БД было хоть что-то общее (то бишь они получались друг из друга в свое время).

Ну попробуем расписать варианты как выйти из ситуации.

В любом случае в первую очередь надо спорную папку скопировать по разным путям, и перестроить БД1 и БД2 каждую на свой собственный путь. Только после этого можно спокойно запустить сборку мусора и экспериментировать с файловым сервером.

Вариант 1 (оптимальный).
Делаем бакап БД1 утилитой CSDN DataBase Migrate.
Делаем бакап БД2 утилитой CSDN DataBase Migrate.
Делаем рестор БД1 утилитой CSDN DataBase Migrate, указывая новый путь для файлов.
Делаем рестор БД2 утилитой CSDN DataBase Migrate, указывая другой новый путь для файлов.
После этой операции у  нас у каждой БД свои файлы лежат в отдельных папках, и далее можно работать спокойно.
Риски.
Процедура достаточно длительная по времени и не предполагает работы в этот момент с TechnologiCS.
При бакапе, если хоть один файл отсутствует, возникнет ошибка. Начиная с 6-ой версии данная утилита значительно доработана  и предложит вам самим  решать что делать с этой ошибкой (ну а сделать вы можете только Пропустить, либо искать файлы в предыдущих бакапах чтобы хоть что то восстановить, подложить файл и сказать повторить). В более ранних версиях утилита прекратит бакап и единственный выход подложить файл который она требует и запустить бакап заново.

Вариант 2 (возможный).
Запускаем TechnologiCS Администратор на БД1, создаем в нем новый ТОМ с новым путем и переносим туда все  документы со спорного тома ( а он там понимаю к сожалению дефолтный). Файлы с которыми возникает проблема - пытаемся восстановить из пред бакапа или подсовываем туда хоть что нибудь.
Запускаем TechnologiCS Администратор на БД2, создаем в нем новый ТОМ с новым путем и переносим туда все  документы со спорного тома ( а он там понимаю к сожалению дефолтный).
В результате в спорном томе останутся либо проблемные документы,  либо лишние, и вложения из почты. Как с ними поступать решайте сами.

Вариант 3 (простейший).
После того как раскопировали тома каждый в свой - можно уже ничего не делать и продолжать работать. Да мусора много будет, который даже TechnologiCS не разберет, так как  он о нем не знает. Но на работу это не повлияет. Но нужно иметь ввиду что всегда могут вылезти проблемные документы, у которых файлы отсутствуют, так как вы работали разными базами на одном  томе файлового сервака. Если такие возникнут, то попытайтесь их найти в пред бакапе, если они важны.