Скорее всего Вы путаете карточку номенклатуры (см.п. 3.3.3 Карточки номенклатуры, ведение параметров с помощью карточек) которая представляет собой просто удобную форму, предназначенную для ввода и редактирования параметров номенклатуры, со складской учетной карточкой (см.п. 11.5 Работа с картотекой) которая представляет собой регистр хранения номенклатурных позиций на складе.
Т.е. для того, чтобы оприходовать учетный документ, необходимо каждой позиции спецификации учетного документа сопоставить учетную карточку склада (на закладке "Основные свойства" - "Учетная карточка"). При этом, если такая карточка (позиция) на складе уже есть, то можно приходуемую позицию добавить к уже имеющейся карточке хранения. Если нужной карточки нет (или например есть, но у нее другая цена (при учете в учетных ценах)) то ее необходимо добавить как это показано в п. 11.6.2.2 Спецификация учетного документа.
Далее, для удобства работы, складские карточки можно систематизировать и сгруппировать в нужные ветки классификатора как это показано в разделе 11.5 Работа с картотекой.
После того, как позициям назначены карточки, при приходовании учетного документа произойдет движение по складу и в картотеке склада на остатках появится нужное количество оприходованной номенклатуры.