Поизучали Вашу задачу - нам видится два возможных варианта:
1. Создать выборку на весь Архив, а затем вручную выбирать документы из требуемого раздела. Например используя зависимый объект "Где используется документ" - там есть столбец "Раздел архива".
2. Написать макрос, который сформирует список документов по необходимым требованиям.
Получить требуемый список документов используя только набор данных не получится, т.к. в Построителе запросов отсутствует связанная таблица "Файловый состав"
В качестве рекомендации, могу посоветовать в атрибутах документа завести атрибут, в котором указать номер заказа. Эту работу тоже можно автоматизировать путем написания макроса