Конфигуратор и два IP адреса

Конфигуратор слушает все интерфейсы, т.е. в случае 2-х сетевых плат он слушает обе платы плюс "localhost"(127.0.0.1).

У нас конфигуратор стоит на компьютере с 3-мя сетевыми платами, и проблем нет.

Проблема может возникнуть по нескольким причинам:
1. Неправильной настройки фаервола (чем вы там защищаетесь?) :)
2. Неправильно работает разрешение имен. Первичный критерий - ping по имени компьютера должен отрабатываться без начальных задержек которые обусловлены преобразованием имени в адрес, а вот адрес в каждой сети должен быть свой.

Допустим этот компьютер имеет адреса - 1) 192.168.0.1 и 2) 192.168.1.1
Тогда в первой подсети лучше на все копьютеры положить файл hosts ссодержащий строку:
192.168.0.1 компьютернаме
а на компьютеры второй подсети
192.168.1.1 компьютернаме
где "компьютернаме" имя компьютера причем ОДИНАКОВОЕ!!!

Либо сделать два DNS, для каждой подсети свой с соответствующими записями, либо если это не устраивает, и требуется один DNS и с файлом hosts не хочется возится, тогда нужно разрешить доступ до второй платы.

Что будет, если в приведеном выше примере, имя вашего компьютера в обоих подсетях будет разрешаться в один адрес напрмер 192.168.0.1
Тогда первая подсетка будет работать нормально а вот вторая не имея доступа к интерфейсу с адресом 192.168.0.1 естественно работать не будет, и это не смотря на то что конфигуратор слушает 192.168.1.1, ведь стучаться вы будете к 192.168.0.1 а он не доступен.