Одна из версий вашего документа привязана либо к позиции СП или ТП, либо к позиции любого вспомогательного справочника, который позволяет это. Откройте зависимые объекты документа в режиме "Где используется документ", далее ещё раз зависимые объекты в каком-либо режиме. В одном из них, возможно, увидите информацию с какой позицией в какой версии СП,ТП какой номенклатуры осуществлена связка (или с какой позицией вспомогательного справочника).
Далее удалите связку, через зависимые объекты найденной позиции.
P.S.
Настройка возможностей и вариантов привязок документов к позициям осуществляется в модуле администрирования на закладке "Настройка связей с документами".