Как вариант:
сделать две версии спецификации ящика:
1. "реальная" спецификация - из чего ящик сам собирается, т.е. его состав.
2. спецификация содержимого ящика.
Потом использовать механизм "назначенные версии" для спецификаций. Строить ПСп и использовать таким образом нужную версию, т.е. нужный в конкретном случае состав ящика.
Можно еще таким путем пойти:
Допустим, позиция (отвертка) указана в составе какого-то "узла". Но реально она упаковывается в ящик для инструмента. Т.е. это означает, что физически она при изготовлении в этот "узел" не входит. Можно тогда как-то просто помечать такие позиции в спецификациях (параметром, например), а потом при формировании ПСп просто удалять их из состава. Я так понимаю, это как раз примерно то, что Вы и пытались сделать в итоговой. Так?
Если да, то можно именно это и сделать, только в ПСп (скриптом).
Но вообще, конечно, вопрос очень интересный. Будем еще обязательно думать над тем как лучше его решать.