Правильно, видимо, через механизм "Расчетных" и связанных с ними "учетных" складских документов. Но это будет доступно только в новой версии, которая сейчас находится в завершающей стадии подготовки к выходу.
Общий смысл следующий: на основании производственной спецификации формируется "Расчетный" документ. Условно можно назвать его "Лимитно-заборной картой" - то что надо на этот заказ.
Затем выписываются и проводятся связанные с данным расчетным документом, учетные документы - ордера, накладные и т.п. отражающие реальную выдачу, движение, списание ТМЦ. В результате можно проследить картину в любой момент времени, сколько на какой заказ кому чего на текущий момент выдано. Сколько остатков у кого и т.п. Как-то примерно так.