Ну насколько я понимаю проблему - тут следует использовать атрибуты документа. Создать атрибут типа Список (или просто текст) и указывать его при создании документа. Затем сделать выборки по требуемым критериям.
Ограничения такого подхода - значение параметра ограничено длиной, нет иерархии (либо иерархию закладывать в значение атрибута), возможно только одно значение атрибута (если это список).
Ссылки на документы (иерархические) можно делать в Папках пользователя (но они доступны только этому пользователю), в проектах (но тут не следует вести большие объемы ссылок), Номенклатура. Из всего этого для решения данной задачи можно попробовать использовать номенклатуру (то есть использовать номенклатурный справочник как каталогизатор). Получится гибче, но искать документы возможно будет не так уж удобно.
Возможно кто-то уже решал подобные задачи и имеет решение.